Universitas Katolik Santo Thomas lahir dari kepedulian Keus-kupan Agung Medan untuk berpartisipasi dalam mencerdaskan kehidupan bangsa, meningkatkan dan melindungi martabat manusia serta warisan budaya sebagaimana diamanatkan Pancasila dan Undang-undang Dasar 1945 melalui Tridharma Perguruan Tinggi (pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat) dalam lingkup nasional dan internasional. Universitas Katolik Santo Thomas berpedoman pada prinsip-prinsip Katolik sebagaimana tertuang dalam Konstitusi Apostolik Ex Corde Ecclesiae.
Universitas Katolik Santo Thomas sebagai Perguruan Tinggi Swasta didirikan melalui Surat Keputusan Kopertis Wilayah I Nomor: 091/SK/Kop.I/1984, tanggal 23 April 1984 dan Surat Keputusan Keuskupan Agung Medan Nomor: 371/Y/KA/1984 tanggal 24 April 1984, yang dikuatkan dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 0387/O/1986, tanggal 22 Mei 1986 untuk waktu yang tidak terbatas.
Universitas Katolik Santo Thomas mengelola 8 fakultas:
1. Fakultas Ekonomi dan Bisnis
2. Fakultas Pertanian
3. Fakultas Ilmu Budaya
4. Fakultas Teknik
5. Fakultas Ilmu Komputer
6. Fakultas Hukum
7. Fakultas Filsafat
8. Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP)
Keberadaan Fakultas Filsafat Universitas Katolik Santo Thomas bermula dari kebutuhan pendidikan bagi para calon imam di Indonesia, terutama di Keuskupan Agung Medan, Keuskupan Agung Pontianak, dan Keuskupan Sibolga. Pada permulaan bulan Nopember 1956, Seminari Tinggi Filsafat-Teologi didirikan di Keuskupan Agung Medan. Kegiatan perkuliahan dilaksanakan di gedung Seminari Menengah di Jalan Lapangan Bola Atas Pematang Siantar. Di bulan Juli 1957, perkuliahan pindah ke Parapat. Karena jumlah mahasiswa yang terus meningkat, pada tahun 1967 mahasiswa yang belajar Filsafat tetap di Parapat, dan mahasiswa yang belajar Teologi berpindah ke gedung baru di Jalan Medan Pematang Siantar.
Sampai pada tahun 1982, semua calon imam yang belajar di STFT Parapat-Pematang Siantar berasal dari Ordo Fransiskan Kapusin (OFMCap). Di tahun yang sama, melalui persetujuan bersama pemimpin Ordo Kapusin dengan para Uskup se-Sumatera (Medan, Sibolga, Padang, Pangkalpinang, Palembang, Sibolga), para calon imam diosesan se-Sumatera bergabung dalam perkuliahan di Parapat. Kemudian, kampus baru didirikan agar STFT bagian Filsafat tidak terpisah dengan STFT bagian Teologi. Sejak Agustus 1986, kampus baru itu digunakan dengan nama Sekolah Tinggi Filsafat dan Teologi (STFT) Santo Yohanes Pematang Siantar. Kampus ini beralamat di Jalan Gotong Royong, Sinaksak, Kec. Tapian Dolok, Kab. Simalungun, Sumatera Utara, yang sampai sekarang merupakan kampus Filsafat Universitas Katolik Santo Thomas Medan.
Sejak awal berdirinya Universitas Katolik Santo Thomas Medan, Fakultas Filsafat sudah masuk menjadi bagian di dalamnya. Legalitas status Fakultas Filsafat dalam Universitas Katolik Santo Thomas Medan dapat dilihat dari keterangan di bawah ini:
1) Status Diakui untuk Fakultas Filsafat sesuai SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No.006/0/1990, tanggal 4 Januari 1990.
2) Status Disamakan untuk Fakultas Filsafat dengan Jurusan Filsafat Program Studi Filsafat Agama untuk Jenjang Program S1 sesuai SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No.223/DIKTI/Kop/1992, tanggal 1 Juni 1992.
3) Berdasarkan SK Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi No. 001/BAN-PT/Ak-I/VIII/1998 tanggal 11 Agustus 1998, Program Studi Filsafat Agama Katolik pada Fakultas Filsafat Terakreditasi B.
4) Berdasarkan SK Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi No. 016/BAN-PT/Ak-VII/S1/V/2004 tanggal 7 Mei 2004, Program Studi Filsafat Agama Katolik pada Fakultas Filsafat Terakreditasi A.
5) Berdasarkan SK Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi No. 017/BAN-PT/Ak-XIV/S1/VIII/2011 tanggal 5 Agustus 2011, Program Studi Sarjana Ilmu Filsafat pada Fakultas Filsafat Terakreditasi B.
6) Berdasarkan SK Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi No. 2337/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2016 tanggal 20 Oktober 2016, Program Studi Ilmu Filsafat pada Fakultas Filsafat Terakreditasi B.
7) Berdasarkan SK Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi No. 11945/SK//BAN-PT/Ak-PPJ/S/X/2021 tanggal 26 Oktober 2021, Program Studi Ilmu Filsafat pada Fakultas Filsafat Terakreditasi B.
Sebagai Program Studi Ilmu Filsafat yang merupakan persiapan untuk studi Teologi, sejak 22 Maret 1997 Fakultas Filsafat berafiliasi dengan Universitas Kepausan Urbaniana Roma, Italia, dalam menentukan program mata kuliah. Surat keputusan afiliasi dikeluarkan oleh Kongregasi Pendidikan Katolik Vatikan dengan Dekrit Prot. No. 348/97/30 dengan tanda tangan Prefek Pio Kardinal Laghi dan Sekretaris Josephus Kardinal Saraiva Martins.
Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia, no.237/E/O/2021, tertanggal 7 Juni 2021, diperoleh izin pembukaan Program Studi Hukum Program Magister dan Program Studi Filsafat Program Magister pada Universitas Katolik Santo Thomas Medan yang diselenggarakan oleh Yayasan Santo Thomas, dengan status memenuhi persyaratan minimum akreditasi. Proses pengajuan Program Studi Filsafat Program Magister ditandatangani oleh Prof. Dr. Drs. Sihol Situkkir, MBA selaku Rektor Universitas Katolik Santo Thomas Medan pada tanggal 21 Oktober 2020. Program studi ini memiliki dua konsentrasi, yaitu Konsentrasi Filsafat Sistematis dan Etika Pastoral. Proses pembelajaran Program Studi ini dimulai pada ganjil tahun ajaran 2021/2022.